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Salud

Monitorean variantes del nuevo coronavirus en México con programa de vigilancia Genómica

Redes nacionales e internacionales de vigilancia genómica están atentas ante el comportamiento de las nuevas variantes de SARS-CoV-2 y sus cambios en el país.

Por María Sánchez

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México.- La vigilancia genómica permite analizar y entender los patrones en que evoluciona el SARS-CoV-2, la forma en que sus cambios afectan la evolución de la pandemia y generando datos importantes epidemiológicos en torno a la Covid-19, a la vez que facilita el desarrollo de protocolos de diagnóstico y se genera información para desarrollar nuevas vacunas eficientes a las nuevas variaciones del virus.

En México, el Programa de Vigilancia Genómica del SARS-CoV-2 del Consorcio Mexicano de Vigilancia Genómica (CoViGenMex) inició sus actividades en febrero del 2021 para conocer las variantes del virus de la covid-19 en la región. Con datos hasta el 30 de agosto del presente año se han identificado en México diversas variantes y se ha visto cómo delta se convirtió en el linaje dominante en el país.

La detección de linajes en el país

Según los informes del Programa de Vigilancia Genómica en México, las secuencias del genoma de los virus SARS-CoV-2 que circulan en el país han sido obtenidas por el CoViGenMex y son depositadas tanto en la base de datos MexCoV2 del país como en la base de datos internacional de Gisaid. Una vez identificados los linajes virales se informa de estos al Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE). 

Basándose en la vigilancia genómica mundial, las secuencias de los genomas analizados en México que tiene uno o más cambios genéticos similares se van agrupando en linajes. Desde finales del 2020, dentro de los linajes “surgieron variantes que plantearon un mayor riesgo para la salud pública mundial, asociadas a eventos epidemiológicos y biológicos”, describe en su último reporte de agosto la base de datos MexCoV2.

Estos linajes y sus variantes se clasifican en diferentes grupos según la disposición de la Organización Mundial de la Salud (OMS):  en variantes de preocupación (VOC), variantes de interés (VOI) y variantes que hay que monitorear (VOM), “estas últimas tienen una categoría de alerta menor que las VOC y las VOI”. De manera local CoViGenMex describe las variantes de interés nacional (VIN) que pueden ser relevantes en el país, pero no a nivel global.

Variantes relevantes 

Actualmente, la OMS caracteriza las variantes de acuerdo con el sistema  Pango oficial (https://n9.cl/b2eal), si bien hay actualmente miles de variantes del virus, están a mayor luz pública aquellas que tienen algún cambio importante y de relevancia epidemiológica. 
La OMS clasifica hasta el 30 de agosto del 2021 como variantes de preocupación a las siguientes: alfa (B.1.1.7), beta (B.1.351; B.1.351.2; B.1.351.3), delta (B.1.617.2; AY.1, AY.2; AY.3; AY.4; AY.5; AY.6; AY.7, AY.8, AY.9, AY.10; AY.11; AY.12) y gamma (P.1; P.1.1; P.1.2; P.1.4; P.1.6, P.1.7; P.1.8). 

Las de interés son eta (B.1.525), iota (B.1.526; B.1.526.2), kappa (B.1.617.1), lambda (C.37) y mu (B.1.621). Las variantes que se deben monitorear son B.1.1.318, B.1.1.519, B.1.1.523, B.1.214.2, B.1.427, B.1.429, B.1.466.2, B.1.619, B.1.620, C.36.3, C.36.3.1 y R1.

Variantes en Sinaloa

Como en todo México, en el noroeste del país el linaje delta fue creciendo de mayo hasta agosto, según los datos de Gisaid. En Sinaloa no fue diferente, presentándose delta (B.1. 617.2) en el último mes de medición, en el 84.62 por ciento de las muestras, siendo delta (AY.12) solo el 7.69 por ciento de las muestras al igual que gamma (P.1.2). 

Los datos recabados por el Consorcio CoViGenMex son importantes local e internacionalmente y dan una idea clara del comportamiento de las vacunas, por ejemplo, la edad promedio de las muestras recogidas en un inicio fue de 43.89 años (oscilando entre edades de 0 a 90 años), y en los dos últimos meses esa edad descendió hasta llegar a una edad promedio de 22.89 años, posiblemente a que en los primeros meses de muestreo se aplicaron las vacunas en mayores de 60 años, lo que disminuyó los contagios en edades mayores.

Por otro lado, el monitoreo hace visible la evolución de la pandemia en torno a la presencia las variantes más exitosas, lo que hace conveniente continuar con esta labor epidemiológica en México y el mundo. 

Secuencias presentes en México 

La base de datos Gisaid ha analizado un total de 23 mil 139 secuencias provenientes de México, en la cuales se encontró presencia del linaje alfa (B.1.1.7), de origen inglés en los 32 estados de la república con un número de mil 713 secuencias; el linaje de origen sudafricano beta (B.1.351) se halló en seis estados con 2 mil 469 secuencias detectadas. De la variante delta originaria de la India, se encontraron 5 mil 030 secuencias del total, siendo la delta (B.1.617.2) el linaje más numeroso con 2 mil 469 secuencias detectadas y presente en las 32 entidades de la república, le sigue delta (AY.4) con mil 225 secuencias y presente en 26 estados del país.

En tercer lugar, se halló a Delta (AY.12) con mil 184 detecciones en 31 de las 32 entidades. La variante brasileña gamma (P.1) ha sido detectada entre los pacientes de covid-19 de todo el país desde el 28 de enero del 2021, con un número de 2 mil 332 secuencias del total.  

Linajes de interés y monitoreo 

Entre las variantes de interés o VOI que se registraron en México, la más abundante fue mu (B.1.621) con 340 secuencias en 25 entidades federativas. La segunda más abundante fue lambda (C.37), originaria del Perú, con 197 secuencias identificadas en 18 estados; en tercer lugar, se ubicó a iota, la cepa neoyorquina con un número de 57 identificaciones en 14 localidades estatales. 

Entre las variantes VOM o de monitoreo, en México se registraron solo tres:  B.1.1.519,  con presencia muy abundante de hasta 7 mil 784 secuencias entre el total de las muestras, algo característico solo de México; B.1.429, B.1.427 (similares), se registró 485 veces en 30 entidades, y B.1.1.318 se presentó siete veces del total en cinco localidades estatales mexicanas. 

Para entender...

Consorcio de vigilancia genómica 

México forma parte de la Red Regional de Vigilancia Genómica covid-19 creada en 2020 con ayuda de la Organización Panamericana de la Salud. La labor del Consorcio  Mexicano de Vigilancia Genómica (CoViGenMex ) es identificar las mutaciones que pudieran afectar la transmisibilidad, capacidad de replicación y/o patogenicidad del virus, es decir, la forma en que causa la infección, además de conocer la existencia de mutaciones que evaden la inmunidad natural del cuerpo humano o la generada por las vacunas.

Las mutaciones del SARS-CoV-2 también pueden afectar la eficacia de los métodos de diagnóstico moleculares o de medicamentos antivirales específicos contra el virus que pudieran diseñarse en el futuro, por lo tanto, resulta vital conocer los cambios del virus durante la pandemia (CoViGenMex y OPS). 

Los Datos

Descenso de Alfa

La variante alfa aumentó paulatinamente durante el año, pasando de mostrar el 1 por ciento de las muestras en marzo al 18 por ciento en mayo. Pero bajó al 14 por ciento en junio, quedando en 3 por ciento en agosto (CoViGenMex).

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Aumento de Delta

Al mismo tiempo que alfa disminuía aumentaban gamma y delta, pero gamma dio paso al rápido crecimiento de delta, configurándose en agosto como la variante dominante con más del 91 por ciento en las secuencias mexicanas (CoViGenMex).

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